L’éluant monte à travers la phase stationnaire, essentiellement par phénomène de capillarité.
Chaque composant de l’échantillon se déplace à sa propre vitesse derrière le front du solvant. La vitesse avec laquelle les solutés se déplacent, et donc leur séparation, dépend de deux forces :
De façon générale, la phase stationnaire est plus polaire que la phase mobile (lorsque cette dernière est constituée de solvants organiques) : les substances de faible polarité migrent plus rapidement que les composants polaires.