La migration différentielle est le processus clé de la chromatographie. Le mélange des composés à séparer est injecté dans une colonne chromatographique qui contient une phase stationnaire : celle-ci va retenir les composés (différemment selon la structure et les propriétés physico-chimiques de chaque composé), ceux-ci étant entrainés au travers de la colonne par une phase mobile (un gaz inerte en GC, une phase aqueuse ou un mélange de solvants en HPLC). Les composés vont donc migrer différemment dans la colonne : le temps de sortie d’un composé de la colonne est appelé temps de rétention (dans la colonne). Un détecteur placé en sortie de colonne permettra de détecter les molécules de chaque composé ainsi séparé des autres.