La chromatographie ionique permet de séparer les composés ionisés. Il existe deux types de chromatographie ionique :
- Rétention des anions : La phase stationnaire est composé d’un groupement cationique et la phase mobile est anionique
- Rétention des cations : La phase stationnaire est composé de groupement anionique et la phase mobile est cationique
C’est toujours le contre-ion associé à la phase stationnaire qui est échangé avec les composés ionisés à séparer (voir figure).
En chromatographie ionique, plus les ions sont chargés et plus leur rétention sera importante. Ainsi en chromatographie ionique, l’ion sulfate SO42- sera mieux retenu que l’ion chlorure Cl- et l’ion magnésium Mg2+ sera mieux retenu que l’ion sodium Na+. Pour les ions ayant la même charge, plus un ion sera volumineux, plus il sera retenu. Ainsi l’anion NO3- sera élué plus tardivement que l’anion Cl-.