Les appareils d'infra-rouge sont équipés d'un laser, en général He-Ne ( λ = 632,8 nm) dont le faisceau a le même parcours que celui de la source. Il passe dans l'interféromètre, à travers l'échantillon et va jusqu'au détecteur. Ce laser a deux rôles. Il permet de repérer avec une très grande précision la position du miroir mobile dans l'interféromètre. Il sert également de signal de référence pour améliorer la précision en fréquence de la mesure par transformée de Fourier.